AI生物设计:自驱动实验室如何以闭环驱动新一轮科学发现
自驱动实验室正从演示走向部署,将AI、机器人与实时分析融合为闭环发现系统。本文梳理A-Lab、iBioFoundry、Emerald Cloud Lab、Recursion、Isomorphic等真实案例,并解析掌控闭环为何成为新战略前沿。
「自动驾驶实验室」听起来像科幻,但这套机器已经在运转。在药物发现、合成生物学与材料科学领域,一类新系统正在复制软件对信息的改造:设计实验、用机器人执行、读取结果、再改写自己的下一步。闭环本身才是关键。
从流水线到闭环
传统研发是线性的:科学家提出假设、手动设计实验、等待、解读。AI生物设计(AI BioDesign)则将其反转。机器学习模型提出候选——一个突变的酶、一条合成路线、一个类药分子——自动化层用液体处理工作站、读板仪、培养箱与机械臂执行;测量数据回流模型,模型再提出下一批。每一次循环都让预测更准。
文献中这一概念被称为"自驱动实验室"(self-driving laboratories, SDLs),《自然》已将其列为2025年值得关注的技术之一。2025年《自然·通讯》的一篇纲领性论文将其定义为自动化实验、人工智能与实时分析三者的融合。
真实系统,真实产出
材料领域最常被引用的范例是劳伦斯伯克利国家实验室的A-Lab。2023年发表于《自然》的论文显示,A-Lab结合Materials Project与谷歌DeepMind的相稳定性数据、从约3万篇文献合成流程训练出的机器学习模型,以及一条自动称量、加热、用X射线衍射表征粉末的机器人产线。连续运行17天,它合成了58个目标无机化合物中的41个——人类化学家耗时数月才能完成。DeepMind的同伴随模型GNoME则独立提出了逾220万个稳定晶体结构。
生物学方面,伊利诺伊大学iBioFoundry给出了更清晰的闭环示范。由赵惠民(Huimin Zhao)领衔、2025年发表于《自然·通讯》(DOI: 10.1038/s41467-025-61209-y)的团队,将预测有益酶突变的AI模型与铸造厂的自动化构建、测试设备耦合。系统把一种饲料添加剂酶的活性提升了26倍,将一种合成催化剂的活性提升16倍、底物选择性提升90倍。"这是迈向自驱动实验室的一步,"iBioFoundry经理Stephan Lane说。
日本"自主实验室"(ANL)在2025年《科学报告》中采用模块化、贝叶斯优化的思路优化工程大肠杆菌的培养基,说明该模式正走出顶尖机构。
商业栈
两种商业模式已经成形。云实验室——Emerald Cloud Lab(2012年创立)与Strateos(前身为Transcriptic,2014年创立)——让任何科学家通过API在共享机器人设施上编写并运行实验。Emerald用源自Wolfram的符号语言把仪器当作可编程函数,其与卡内基梅隆大学的合作在2024年建成了首个大学级自主云实验室,可同时运行逾100个实验。Strateos已与礼来、拜耳等合作远程闭环生物学流程。
铸造厂模式则不同:2008年自MIT创立的Ginkgo Bioworks建有物理"铸造厂",机器人批量构建数千种微生物变体,把"设计—构建—测试—学习"作为服务提供给香精、农业与制药客户。
最深入的一端是Recursion:这家"TechBio"公司在盐湖城与牛津的自动化实验室每周运行逾200万次实验。其表型组学平台以海量高内涵显微成像(数百万张图像)训练Phenom-2(19亿参数)、MolGPS(30亿参数)等基础模型,并用基于NVIDIA H100的BioHive-2超算训练;与罗氏/基因泰克、赛诺菲、拜耳、默克等的合作把数据转化为药物项目。2024年末它收购Exscientia,把精准化学设计纳入同一闭环。
DeepMind分拆出的Isomorphic Labs代表"计算机内"一极:AlphaFold及其2024年继任者AlphaFold 3建模分子互作;2024年它与诺华、礼来签下合计约30亿美元的合作,2025年融资6亿美元,正将其首批AI设计分子推进肿瘤与免疫学的首次人体试验。
为何是战略前沿
原创洞察:AI过去十年的经济价值主要在软件——文本、图像、代码——答错了无非是一句坏话。生物学正相反:设计空间近乎无限(伊利诺伊团队指出,一个典型酶的变异可能比宇宙原子还多),实验缓慢且昂贵,而回报——新药物、新材料、可持续化学——极其巨大。自驱动实验室是AI不再只是文档副驾、而成为物理发现本身控制系统的地方。战略锦标不在于某个产品,而在于对闭环的掌控:谁拥有最紧密的"设计—构建—测试—学习"循环,谁就能最快积累专有数据,而数据才是护城河。这正是云实验室、铸造厂与药企在领域尚早时便争相闭环的原因。
诚实的局限
热潮需要锚点。多数SDL仍依赖人类定义实验与目标;"湿实验"——培养、防污染、样本交接——难以完全自动化,A-Lab的失败常是真人几分钟能解决的操作难题。集成是瓶颈:把异构仪器编排进同一闭环,比训练模型更难。麦肯锡估计实验室自动化可让药物提前约500天上市、降低约25%研发成本,但这些收益只有在闭环端到端跑通时才兑现。眼下,自驱动实验室是强大的加速器,而非自主科学家——人类监督既是伦理要求,也是现实必需。
- Nathan J. Szymanski, Bernardus Rendy, Yuxing Fei, et al. (2023) An autonomous laboratory for the accelerated synthesis of novel materials. Nature. https://www.nature.com/articles/s41586-023-06734-w
- Phys.org (2025) Self-driving lab: AI and automated biology combine to improve enzymes. Phys.org. https://phys.org/news/2025-07-lab-ai-automated-biology-combine.html
- Keiji Fushimi, Yusuke Nakai, Akiko Nishi, et al. (2025) Development of the autonomous lab system to support biotechnology research. Scientific Reports. https://link.springer.com/article/10.1038/s41598-025-89069-y
- Recursion Pharmaceuticals (2025) Recursion Reports First Quarter 2025 Financial Results and Provides Business Update. Recursion Investor Relations. https://ir.recursion.com/news-releases/news-release-details/recursion-reports-first-quarter-2025-financial-results-and
- Recursion Pharmaceuticals (2025) Recursion Provides Business Updates and Reports Fourth Quarter and Fiscal Year 2024 Financial Results. Recursion Investor Relations. https://ir.recursion.com/news-releases/news-release-details/recursion-provides-business-updates-and-reports-fourth-quarter-2/
- Ginkgo Bioworks (2016) Ginkgo Bioworks Unveils Next Generation Organism Foundry to Bring Biotech into New Markets. Ginkgo Bioworks Investor Relations. https://investors.ginkgobioworks.com/news/news-details/2016/Ginkgo-Bioworks-Unveils-Next-Generation-Organism-Foundry-to-Bring-Biotech-into-New-Markets-9-29-2016/default.aspx
- AINews (2025) Isomorphic Labs Prepares for First Human Trials of AI-Designed Drugs. AINews. https://ainews.com/p/isomorphic-labs-prepares-for-first-human-trials-of-ai-designed-drugs
- R&D World (2025) Self-driving cars are hitting the streets. Is your lab up next for automation?. R&D World. https://www.rdworldonline.com/self-driving-cars-are-hitting-the-streets-is-your-lab-up-next-for-automation/